A történet 2019-ben, Neo-Tokyóban játszódik, amely a III. világháború után épült a régi Tokyo helyén. Az első képek is az atomcsapást mutatják, emlékeztetve minket, hogy a japán társadalom kollektív tudatában - így művészetén is - milyen kitörölhetetlen nyomot hagyott Hirosima és Nagaszaki sokkja. Harminc évvel a világégés után az ország az összeomlás szélén áll, mindennaposak a lázongások, utcai harcok, a vezetés korrupt. A kilátástalan jövő előtt álló fiatalok tanulás helyett inkább motoros bandákba tömörülnek, és vívják kisstílű háborúikat a riválisokkal. Egy ilyen harc során Kaneda csapatának zöldfülű tagja, Tetsuo összeütközik egy különleges gyermekkel az autópályán. A matuzsálem külsejű gyermek a kormány pszichés erőket kutató programjának központjából szökött meg, és begyűjtése során Tetsuot is magukkal viszik. Az amúgy is labilis fiatalember kísérletek alanya lesz, melyek aztán felébresztik saját szunnyadó erejét és ezzel beláthatatlan következményekkel járó folyamatok lendülnek mozgásba. Kaneda egy lázadó csoport aktivistáinak oldalán kísérletet tesz barátja kiszabadítására, ám úgy fest, a katasztrófa már elkerülhetetlen.
Az elnyomó, titkos üzelmeket folytató kormányerőkkel szembenálló terroristák, a kamaszok társadalomtól való elidegenedése, a hatalom használatának morális kérdései, majd a kozmikus léptékű transzcendentális átváltozás, mind kivételes gazdagságúvá rétegzik az Akira cselekményét. Habár Otomo Katsuhiro itt is bizonyítja a különleges képességek és a gépek iránti szeretetét, a történet elsősorban egy haldokló társadalmat mutat be, melynek belülről történő bomlása magában hordozza a változás ígéretét